予算カット、２年ルールWaiver、資産運用への影響、メールでのコミュニケーションなど。論文紹介は、実装が簡単な高速FLIMと、Sequeincing by expansion (4/9収録) Show Notes ( 番組HP ): 渦中のハーバード(pdf) コロンビアのNIHグラント停止 Hiring Freeze Announcement デモに参加したらビザ停止 Stand Up For Science Twitterで告知 2年ルールのWaiver 濱崎さん回 401(k) iDeCo Reddit: Fire Flow Chart Version 4.3 Reddit: 401(k) max vs mortgage payment 三権分立の憲法への反映はアメリカが先 五十嵐さん回 1 2 3 4 NSFはFellowshipを出す数が半分に Redditに降臨 ２ちゃんに柳沢先生ご本人登場 マウスも毛むくじゃらに の プレプリント 狼復活 論文紹介 論文１： Absolute measurement of fast and slow neuronal signals with fluorescence lifetime photometry at high temporal resolution Sabatini (弟) ラボ 安田さん回 Jablonski図 Time DomainでのFLIM計測のわかりやすい図 (pdf, これの7ページ目) Frequency Domainとの比較に使った図 (pdf) 注:PMTからのシグナルも位相をズラすと返答してしまっていますが間違いです。(萩) Fiber Photometry を流行らせたのはDラボ ロックインアンプ FLIM用のcAMPセンサー Wash UのYao Chen CholinergicセンサーFLIM転用 Becker & HicklのFLIM Instant FLIM 前にSabatiniラボのプレプリントを読んだ回 David AndersonのState論文、たとえば 1 2 3 脳の温度は結構変わる pHも睡眠とかで変わる 未来予想回 齋藤さん回 1 2 3 論文２： Sequencing by Expansion (SBX) – a novel, high-throughput single-molecule sequencing technology ナノポアレビュー Dpo4 CMOSによる並列化の例 ONTのNanopore ONTを使ったリード精度benchmark研究 階段状の建物 元根さん Protein Sequencing 日本語解説 本社のプレスリリース 動画 Editorial Notes: The Apprentice の参加者になった気分です (脇) 大学の自治を守るのは大変重要ですが、ファカルティは大学側の政府への抗議をどう受け取ってるんでしょう。しかし、9 billionだったり2.2 billionだったり、桁が大き過ぎてもうよくわからなくなってきました(萩)…

Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。後編。ハエの疾患モデルとしての限界、凍結保存ができない問題とそれが育んだコラボレーション文化、留学を選択肢と考えるための本の執筆、PhDを取った機関でポスドクを飛ばしてPIになることについて (3/28収録) Show Notes ( 番組HP ): 山本さんNR回 前編 非哺乳類モデル動物の臨床応用 ハエの疾患モデル一覧 パーキンソン病モデルハエの例(α-Synuclein) ハエの脳にはドーパミン作動性ニューロンが数百個しかない (Table 1にHemisphereあたり~282個と書いてあるので成虫の脳で550個くらいみたいです。by山) アルツハイマー病モデルハエの例(Aβ42) 自閉症モデルハエに関するReview 1 2 3 ハエの求愛行動 ハエの攻撃行動 ハエのパーソナルスペース ハエのグルーミング Julie Simpson ハエの嗅覚と痛覚を介した記憶のT-mazeアッセイ ハエで精神疾患モデルは作れるか？ 1 2 ハエのがんモデルでcachexiaが起こる ハエのBMP(Bone Morphogenetic Protein)シグナリング ハエのノルアドレナリン受容体はタイラミンやオクトパミンに反応する 手間がかかるので誰もやってないハエの凍結保存プロトコル 1 2 3 ハエ系統の自由なやりとりの伝統と現状 Indiana大学のBloomington Drosophila Stock Center 京都工繊大のストックセンター 遺伝研のストックセンター ウィーンのストックセンター Drosophila Information Service FlyBase JaneliaのSplit GAL4リソース データベース ハエゲノムプロジェクト (2000年にドラフトが完成、線虫は 1998年 でした。by 山) 羊土社から出した『研究留学実践ガイド』 連載、研究留学の技法２０２３ 実験医学 ：羊土社から刊行されている雑誌。現行。 細胞工学 : 学研メディカルから刊行されていた雑誌。廃刊。 蛋白質・核酸・酵素 : 共立出版から刊行されていた雑誌。廃刊。 たまたま取れた Notch の特殊なmutationに着目した Science 論文 日本語での 要約 NotchはDeltaとJagged(ハエではSerrate)というリガンドを見分けている (訂正：FringeはNotchのDeltaとの結合を強め、Jagged/Serrateとの結合を弱めます。by山) News & Hot Paper Digestではなく、 カレント・トピックス でした(by 山) The Notch Meeting Gordon Research Conference(GRC)とGordon Research Seminar(GRS) NotchのGRS GRSの座長をした際の体験談(Campus & Conference探訪記) 実験医学のNotchシグナル特集 どうする？コロナ禍での海外研究留学 1 2 3 4 5 日本における雇い止め問題に関する Nature と Science の記事 ベイラー医科大学って知っていますか？ ヒューストンのNASAはロケットを打ち上げてない 『研究留学実践ガイド』のテーマ： はじめに(pdf) 留学特集の座談会記事 1 2 中田大介先生 安田先生NR回 五十嵐先生NR回 1 2 3 4 留学前後・ラボでの立ち居振る舞い：立ち読みサンプル 1 2 失敗したけど、こうして切り抜けましたエピソード：特に コラム4-5から4-8 ラボレポート、 留学編 ・ 独立編 留学をしないという「選択肢」： コラム4-10 藤島さんNR回 コラム3-3( 立ち読みサンプル ) DEI政策の激変 テキサスはDEI停止を先取り ハーバードにおけるAffirmative Action訴訟 Texas Children’s Hospital Duncan NRI(faculty list) Huda Zoghbi(HHMI) Rett Syndrome SCA1(Ataxin) Atoh1 ( Math1 ) DP5(Early Independence Award) 独立して最初のR01が取れたPIの平均年齢は43歳(2010年 NIH調べ) Hugo Bellen(元HHMI) 博士の時にやったスクリーニングからプロジェクトがたくさん生まれた 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 etc ハーバード 、 UCSF 、 Janelia のフェロー制度 ドーパミンの産生・放出・代謝…

Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。前編。ツールとしてハエを使うNeuroscientistと脳を見ているハエGeneticistの違い、ハエForward geneticsからヒト希少疾患研究に繋がった経緯、Living test tubeとしてのハエの魅力、Reverse geneticsによるヒト化ハエのRare disease・Common disease・感染症研究への応用について (3/28収録) Show Notes ( 番組HP ): 山本さんラボHP (更新が滞りがち) LinkedIn ベイラー医科大学 動物育種繁殖学教室 今川和彦先生 着床現象は種特異的 臍帯形成などに異常がある Vps26a ( Hβ58 )の変異マウス 1 2 Hugo Bellen Jan and Dan Duncan Neurological Research Institute Hugoによるレビュー Scott Emr 武田洋幸先生 多羽田哲也先生 後藤聡先生 Retromer ComplexとWnt signalingに関する論文(４本じゃなくて５本でした：Dev Cell x3 + NCB x2) 1 2 3 4 5 Gerry Rubin Allan Spradling Thomas Cech Seymour Benzer追悼記事 1 2 Thomas Hunt Morgan ハエ研究の黎明期 メンデルによる遺伝子の提唱と再発見 津田梅子先生がMorganのところでやった仕事 メンデルの法則 Hermann Muller 放射線による遺伝子の破壊・改変を発見 Marie Curie の死因 発生生物学者と遺伝学者は仲が悪かった 最初の Notch ミュータントの欠けている翅 HomozygousだとNeurogenic phenotype AntennapediaとUltrabithorax ハエの記憶に関する最初の報告 この系をつかった最初のL&Mの変異体、 dunce の論文(cAMPの分解酵素) サーカディアンリズムの period 変異体の論文 Shibire はDynaminに関する変異体 Kir2.1 NaChBac 遺伝学的手法を用いて ハエの神経活動を操作する(リンク先Table2) GSAによるショウジョウバエの学会 CSHLのNeurobiology of Drosophila Janeliaのconference NRでショウジョウバエを扱った回 Forward genetics(順遺伝学)とReverse genetics(逆遺伝学) C hemical mutagenesisではEMSやENUがよく用いられる armadillo ( arm )＝ハエのβ-Catenin Christiane Nüsslein-Volhard Eric Wieschaus The Heidelberg screen回顧録 MARCM 利根川先生の CaMKII-Cre を用いたconditional KO (訂正： CaMKII をcKOしたんじゃなくて、 CaMKII-Cre を用いて別の遺伝子をcKOしてましたね。 by 山) Flp/FRTとEMSを組み合わせることによるモザイク・スクリーニングの 初出論文 レビュー ハエのElectroretinogram(ERG) 1 2 ｍ usashi とハエの感覚毛の４細胞感覚ユニット 岡野先生らによる m usashi 発見 博士の時にやったスクリーニング 結果をヒト希少疾患と結びつけたCell論文 ApoE2 と E4 : 逆でした (by 山) ヒトゲノム計画におけるBaylorの貢献 HapMap project 1000 Genomes project Center for Mendelian Genomics Richard Gibbs James Lupski Synteny(シンテニー) Complementation test(相補性検定) LiqinのMARCM EMS Screenの例 Hippo signaling pathway レビュー このPathwayのコアのhippoという遺伝子は４つのラボで同時期にFLP/FRTスクリーニングなどを通じてみつかりました（Cell２本、NCB２本） 1 2 3 4 ハエの in vivo RNAiのライブラリ 1 2 3 RNAiとEMSで見えてくる遺伝子が違う： Cell論文のFig. 2 CRISPRも含めて、Mammalの例 1 2 Rett Syndromeの原因遺伝子は MECP2 Huda Zoghbi ハエ遺伝子のヒト化 T2A-GAL4 Kozak-GAL4 Mutationの機能的分類(Muller's morphs) Undiagnosed Diseases Network(UDN) NIH Commonfund BRAIN initiative UDN Model Organisms Screening Center…

新年の抱負、第二回おたよりコーナー、2025年に起こる神経科学まわりの出来事予測 Top 5 (1/5収録) Show Notes ( 番組HP ): 抱負 イーロン・マスクはH-1Bに賛成 米国PhD持ちにはGC? バイデンがやってること J1 の2 years rule waiver おたより おたよりフォーム 前回のおたより回 佐野さんの回 小川誠二先生 ベル研究所 あの論文 1 2 松井さん 柳下さん Neuroでの北沢萩原シンポジウム 吉良さん Huberman Lab Podcast Night Science Podcast George回 Yanai アメリカでラボを持つことになったYukiさん 千歳さん回 Addgene Penn vector core の transfer UNCのvector core Kimberly Ritola Adam Hantman MouseLight Jayaram Chandrashekar Armamentarium Iodixanolだと空ベクターが多くセシウム遠心だと少ない Rafael Yuste Sydney Brenner の有名な言葉: "Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order" の出典に関する シドニーブレナーのぼやき 齋藤さん回 1 2 3 齋藤さんラボHP 2025年に起こる神経科学周りの出来事予測 5選 えめさん回 Three photon imaging ventralでもなかった In vivo透明化 パプリカパウダー ボイデンラボから 今井ラボから 根本ラボから JaneliaでCultureをやっているAbraham Beyene mStayGold 1 2 3 Comparison StayGoldは照射方式によってパフォーマンスが落ちることがある 場所細胞のhyperbolic geometry Torus論文 まささん microRNAのTarget Sequence Allenとかで顕著なenhancer AAV CellReadr , RADAR , RADARS ITRのプロモーター活性 ミニマルプロモーター の 話をした回 CRACM 千歳さんの新しい現象キャラクタライズ 1 2 3 4 バインダー設計、例えば 1 2 3 4 AI Scientist Waymo Craniotomy robot 牧野さん回 ポッドキャストも置き換えられるかも みなさんの予測のおたよりをお待ちしております (脇) アグる(aggregateする)は使うけどバリコる(varicosityつくる?)は初めて聞いた(萩)…

University of Washington の浜崎伸彦さん( @Nobu_Hamazaki )がゲスト。Human RA-Gastruloid論文、条件探索のコツ、ステージング問題、卵子形成論文、PI生活、今後目指す合成的発生生物学の方向性など (12/12収録) Show Notes ( 番組HP ): 浜崎ラボHP 博士課程(の後半)での所属ラボ： 中島欽一ラボ 日本での所属ラボ： 林克彦ラボ (現在は阪大) 日本にいたときの卵子形成転写因子論文 かぐや論文 Parthenogenesisのレビュー 留学先の所属ラボ： Jay Shendureラボ 留学先でのHuman RA-Gastruloid論文 最初にあったマウスGastruloid論文 Matrigel おすすめの発生生物学の教科書 ギルバート発生生物学 、 ウォルパート発生生物学 と ラングマン人体発生学 と そのムービー JayのGestalt イベントのレコーディング シュペーマンのオーガナイザー (pdf) Turner Syndrome Wntアゴニストのカイロン 下流のBrachyury (T)という転写因子 最近出ていた脊索が現れる3D trunk organoid論文 bioRxivに最初に出た論文 とその数日後にアップロードされた競合論文 その１ ２ ３ ４ の出版論文としての結果 1 2 3 4 最近溜まっているEmbryonic single cell data 1 2 3 4 5 6 7 10x sci-RNA-seq3 Smart-seq3 Wei Yangさん（Jayラボメンバーページ） マーカージーンをGPTに入れると予測してくる Mappingする方法 UMAPのco-embedding Foundation modelを作っていく例 今村さん とやっていたgene regulation Zygotic genome activation 精子のヒストンがプロタミンに置き換わる機構 残ったヒストンがinter-generationalなepigenetic memoryに関与する？ （pdf） 父が肥満だと子が肥満になりやすい、母だとそうでもない ダーウィン vs ルイセンコ iPSで精子作成している例 減数分裂？に関するプレプリント パキテンで止まっている 山中論文は24から4へ 卵子が大きくなるためにはアクアポリンが必要。<- Glycineチャネルを介した浸透圧による水分流入 のことでした。 卵子形成に伴ってゲノムが徐々に無秩序にする 1 2 卵子のヒストンはモノユビキチン化が盛ん 1 2 不妊治療でホルモン注射や針を刺す場合 Polony Sequencing 最近宇宙とか言ってる I-5: 東海岸を縦に貫く道路 At the Helm: Leading Your Laboratory Westlake University 前回の政権でのES細胞についてのポリシー：新しい株は作れない ブッシュ政権の時はES細胞研究はほぼできなかった 培養ニューロンにゲームさせてる論文 Retinaからのprojectionを再現 ヒントンらによるBackpropagationと脳に関するレビュー Backpropagationが実装されていうるかも、という最近の論文 海馬とTransformerの関連を議論した論文 目の実装、イカとの違い 流行ウイルス予測の研究 エクトダーム単体でほっとくと神経になる 1 2 臨界期窓リオープン 抗生物質ではなくてバルプロ酸でした。(抗てんかん薬) Anhedoniaの論文 加齢と記憶力、最近出た Bipolarのモデルマウスを作るような研究 小頭症オルガノイド Direct reprogrammingによって作成したらAgeは残ったまま 4因子発現による若返りベンチャー 1 2 Seattle Hub for Synthetic Biology Cole Trapnell lab 冬眠するげっ歯類から作ったiPS細胞からケミカル同定の論文 発生生物学から学び、発生生物学のその先に進む研究に興味がある人はいつでもご連絡ください。面白いサイエンスができると思います。(浜崎) “早く留学した方がいい”という意見を頻繁に耳にしますが、留学するorしないではなく、いいラボでポスドク時代のトレーニングをできるかどうかが重要というのを体現されていると思います。(萩) ラボメンがHamazaki et al.とよく言っているのですが、まさかご本人様にこの番組でインタビューできるとは思ってませんでした。 (脇)…

ハーフマラソン参加を通じたコンディショニングの変化、Bluesky移行など。論文紹介は、valenceに応じた伝達物質放出の変化、生きた細胞からのトランスクリプトミクス、空腹による恐怖表象の変化 (12/15収録) Show Notes ( 番組HP ): UW medのハーフマラソン 村上春樹のエッセイ 腸脛靭帯炎 ボストンマラソンのエントリー基準 Garminのスマートウォッチたち (割と山に特化したfenix 7を使ってます 萩) 萩原(暫定) おすすめデカフ1: Sightglass Coffee 萩原(暫定) おすすめデカフ2:Linea Coffee 宮脇おすすめKarma Coffee V60 手で押すタイプのエスプレッソマシン アーロンチェア Sayl Logitechの575 Mx Ergo S Logitech Lift エレコムのベアリングトラックボールマウス 日本では謎に高い NIH Armamentarium NatureでもBluesky移行の記事が出ていた Nikolas Karalisによる Bluesky移行ガイド NeuroRadioのBlueskyアカウント American Football Cap'n Jazz このへんのバンドはより正確には”midwest emo”らしいです Hiatus Kaiyote - Red Room Robert Glasperの生歌が下手すぎるRed Room Robert Glasper Experiment の Smells Like Teen Spirit Robert Glasper Trio - LIVE at The Village Vanguard Darkside Tyler, the Creator Kendrick LamarとSZA トム・ヨークのツアー 観光客に成り下がっている写真 The Smile 論文紹介パート 論文１： Encoding opposing valences through frequency-dependent transmitter switching in single peptidergic neurons Sung Han (気づいたらAssociate Profになってました) Richard Palmiter ポスドクにおける仕事 先に出たリソース論文の仕事 五十嵐さんが最初に出たとき Synapto pHluorine GabaとDopamineが一緒に放出されるケース Central Amygdalaはめちゃくちゃヘテロ Plateau Potential NNに出てた呼吸の論文 論文２： Live-cell transcriptomics with engineered virus-like particles Paul Blainey ピペットでちょっと吸うタイプのlive cell transcriptomics Exosomeを使ったケースについてのレビュー Gil Westmeyer ラボから同じ時期に出た 類似プレプリント CellNet CROP-seq Evan Macosko Synapse-seq Synaptosomeを分けてシーケンスするのではなくBarseqみたいな感じですね汗 最近出ていたTissueからの経時的intactサンプリング Jerzy Szablowski 論文３： Hunger modulates exploration through suppression of dopamine signaling in the tail of striatum Sabatiniラボ ケータイのラボからのプレプリント GRAB 今回使っているdLight3.8はRoshgadol et al., in preparationとのこと Robert Datta MoSeq Tail of Striatum の aversive stimulus coding Dattaがclosed loopでrewardingなdopamineを叩く この前のSaunders ポスドクのときにいたJanakラボ 似たタスクを作ったのは院生の頃っぽい RealTimeLinux Editorial Notes: ハーフ2時間は切れましたがベンチ100kg上がらなくなりました (萩原) このあと背中攣りました。そしてSteelcaseのThinkを拾いました (脇)…

鹿児島大学の菅野康太さん( @canno696show )がゲスト。マウスのコミュニケーション研究をするに至った経緯、地方国立大での研究や心理学教育、サイエンスコミュニケーション活動について伺いました (10/30収録) Show Notes ( 番組HP ): 菅野さん 個人HP 学部HP 菅野さんラボHP 奥山氏 のNR回 1 2 鹿児島大学 法文学部人文学科 心理学コース 鹿児島大学 人文社会学研究科 公認心理師 アカデミックグルーヴ本 から派生した法人 清水修さんインタビュー SYNAPSE lab 臨床心理士 公認心理師と臨床心理士の違い 東大のサイエンスコミュニケーション副専攻 田尾さん 国立大学の中期計画 3期 4期 文系学部不要論の背景(pdf) 文科省の釈明(pdf) 九大のデジタルヒューマニティズ 半分co-メンター： 田川さん 早稲田大学人間科学部 山元大輔先生 Satori遺伝子 山元先生達によるSatori関連の続報 長谷川眞理子先生 長谷川寿一先生 山内 兄人先生 性分化の研究 石浦 章一先生 による 一般向けの本いろいろ 菊水先生 星野先生 岡ノ谷先生 苅郷さん の NR回 丸山工作先生 遺伝研の小出先生 高橋阿貴さん 武田先生 博士の頃のDAT研究 1 2 3 音声グルーミング仮説 Robin Dunbar ダンバー数 Nirao Shah ICRだと二匹が同時に鳴く、を明らかにした音源定位 USVCAM 論文 大隅先生 個性創発脳の新学術 揚妻先生 富山大の松本先生 産総研の橘さん と一緒に書いた USVSEG 論文 DeepLabCut 九工大の柴田さん 苅郷さん論文で引用された Social DefeatはIntruderにICRを使う １ 2 エンハンサーAAVの論文群 1 2 3 4 AAV関連の巨大グラント 学生向けのスクラップボックス 石山さん Brecht の研究 1 2 嫉妬？の鳴き声 動物心理学会 タッチモニタを用いたマウス実験系 (pdf) 編集長である 後藤さん 九州のアミュプラザ 3710Lab SILASU かごしま文化情報センター(KCIC) メディア芸術祭 山口のYCAM ゲンロンのシラス かごしま環境未来館 くらげのTシャツを着た潮合のインタビュー 担当している講義の一覧 スタンフォード監獄実験 ミルグラムの罰を与える実験 注：これら研究に関しては、結果の解釈に異論があったり、不適切な手続きの疑義があったりと、様々な議論があります。また、近年盛んに議論されている心理学の再現性問題との関連では、以下の文献など。 心理学のデータと再現可能性 （菅野） マンハッタンで暴動 文系のための生命科学 岡ノ谷先生の書籍 渡辺茂先生 脳神経科学イラストレイテッド 脳科学辞典 ベストティーチャー賞 近藤滋先生が自邸で行った研究 高木正勝 風に色が見えるvery uniqueなTakagiさん (appleのクリエイターインタビュー動画) 高木正勝と竹市先生のイベント 坂井克之先生 高木正勝と坂井先生のトークイベント 東北大の長神さん 情報学環の佐倉先生 toe サイエンスアゴラ…

研究所やプロジェクトの外部アドバイザー達とのオンサイトコミュニケーション、SfNポスター、 K99体験談、LLM課金、電子実験ノート談義など。論文はハエ嗅覚系における結合形成作業の“次元削減”、FlyWireの変化球について。 (10/27収録) Show Notes ( 番組HP ): NotebookLM 元ラボのポスドクの Tweeprint と NotebookLM の BioRxiv Neural DynamicsのScientific Advisory Council Bernard Sabatini Peter Dayan Lin Tian Yao Chen Mark Anderman Jeremiah Cohen Jeremiah が 内田さん のところでやった 最後の仕事 に対する Peter Dayanの文章 ："These data nicely muddy the theoretical waters"とかすごい (萩) Schultz と一緒に仕事してる Theoretical Neuroscience: Computational And Mathematical Modeling of Neural Systems SfNにプレリミナリーなアブスト Nathaniel Daw Illana Witten Fedexでポスター印刷するサービス SfNの特別割引がある(pdf) 元D-labの井上さん 千歳さんラボ PO: プログラムオフィサー K99: Pathway to Independence Kグラント Rutgersが燃えていたツイート の一例 五十嵐さんリターン回 毎月ミーティングやってるK99出そうとしている人向けのグループ：k99-peer-mentoring-group[at]googlegroups.com この前録った古館さん回 スクールによってはOpenAIのChatGPT Eduが無料 Cython Mex MatlabはバージョンのアップデートでForループが速くなった PyQt %##じゃなくて#%%ですね汗 Neurodata Without Borders GitHubをラボノートブックに Benchling ELNの議論 最近のEvernote DP2 DP5 DP5はVISAは大丈夫そう 論文パート 論文１： Dimensionality reduction simplifies synaptic partner matching in an olfactory circuit Liqun Luoラボ 種による嗅覚系の違いと共通点に着目したレビュー 。違いの原因に関するディスカッションは特に見つからず… (脇) 過去のSema2b発現量操作による軸索の投射経路操作の論文 Toll発現量のグラデ―ションに関する論文 この系で使われている軸索の誘導因子の例、 例えばTeneurin マウスのHippocampusの激シブdevelopment論文 この先報：Teneurinのやつ 宮道さん の 昔の仕事 論文２： The fly connectome reveals a path to the effectome Jonathan Pillow FlyWire祭り Motor Cortex祭り BICCN祭り 2018年にデータ取得は終わっている Davi Bock (今はThe University of Vermont) Clay Reid のところで V1のEMリコンストラクション をやっていた Editorによる序文 Flagship論文 1 2 Neurotransmitterの推定 なぜかCellに先に出てた MorphologyからCell Typeの推定 構造から機能を推定 Sebastian Seung FlyWireのゲーム EyeWire論文 Anthony Movshon に ボコられている動画 Samsungにいった? Mala Murthy のトラッキングの仕事、 例えばこれ JaneliaのFly Hemi Brain C Elegansのコネクトーム *2万5千はJaneliaのHemi Brain、今回は140,000. 8000個のCell Type *今回のハエはオスでは無くメス Instrumental Variableの論文 2021年のノーベル経済学賞 0.01%の”Pair”なので、ある細胞に対して他のニューロンが繋がっている確率としてはおよそ1%、と解釈するのが正しそう。 (萩) SVDはMatrixがNbyNかつsymmetric (Wij = Wji)のとき、eigenvector decompositionとSVDは数学的に完全に等価になります。なので要はSVD、という説明は間違ってなさそうです。(萩) Light Fieldでハエ全脳の活動を見る BuzsakiのLog-dynamicl brain Songさんのシナプス強度のLognormal分布 線虫で全細胞をイメージングしながらオプトで操作 普通にNatureでした(萩) DMDM IBL David Rowlandのツイート 1 2 Editorial Notes: NotebookLMがXのことをTwitterって言ってるのちょっとおもしろい (脇) K99は通ったわけではない(おそらく落ちてリビジョンする)ので、内容に関しては話半分できいておいて下さい。(萩)…

古館さん( @ShoheiFurutachi ) in-person収録＠Allen Institute。直近の論文リバイズ中の出来事、最近の興味、ネタ被りに関する様々な考え方、ジョブハントの様子、東大での某失敗談の詳細 (10/13 収録) Show Notes ( 番組HP ): 古館さん 前回のNeuroRadio古館さん回 Part 1 Part 2 古館さんのNature論文 Illana Witten の Cognitive Demand論文 茨城県の県立医療大学 パーキンソン病リハビリにおけるキューの利用 (pdf) Mark Andermann Hypothalamusに変なドーパミンニューロンがいて、 性衝動のコントロール が知られている Parkinson病患者にL-DOPAを投与すると性衝動が上がる L-DOPAで幻覚 千歳さん の NR回 河西・柳下ラボ Over-Associationを示唆する論文 Georg Keller 自閉症だと自分をこそばせられる 統合失調でした(萩) 自閉症と統合失調症はスペクトラムの逆側？ Positive Prediction ErrorとNegative Prediction Errorについてのレビュー Oliver Sacks 妻を帽子と間違えた男 五十嵐さん Wellcome Career Development Award Dmitriy Aronov Vijay Namboodiri Moserラボ DMDMの論文 の レビュワーコメント (pdf) Karel Svoboda Steinmetzの仕事 尾藤先生 ASCONA Lake Conference Visual CortexのConnectivity 例えば： 1 2 FENS Massimo Scanziani Cyril Herry Letzkus 内田 さん 天羽さん SfN 2024 PrincetonのTigerBrain SWCもやってるEmerging Neuroscientists Seminar Series Carlos Brody David Tank Jonathan Pillow Nathaniel Daw Annegret Falkner Tatiana Engel グローバルCOE(pdf) 石川冬木らによるテロメラーゼ遺伝子TLP1のクローニング Krakauer Sherringtonian vs Hopfieldianのレビュー UCL Ophthalmology Carandini Andy Peters Ace Hotel Gilles Laurent MPI Collective Behavior Iain Couzin 100匹くらいの 魚 とか Median Rapheの仕事 Matt Lovett-Baron Deisseroth Losonczy 魚を始めた 伊藤さん Chris Harvey Noah Pettit Selmaan Chettih Christopher Zimmerman Science Eppendolf Prize Zachary Knight CTAの仕事 について話した回 番組で扱ってたのを忘れていた(萩) 宮道先生 の TRAP(初代) 五十嵐さんのタスク Nelson Spruston のタスク paAIP2 稲垣さん 小宮山ラボ 服部さん （現Scripps） の NN2023 大木研 村上さん 医学部の機能生物学セミナー ドイツの戸田さん 伊丹十三 のエッセイ：この２つのどちらか １ ２ 黒田さん と 中野さんのNR回 大木研のLP 林-高木先生 ダルメシアンの図 Editorial Notes: ドッキリ収録含めAllen Institute visit最高に楽しかったです。(古) dmdmのReviewerコメント読んだ。”monumental effort”とかのいいまわしが確かにカレルっぽい(萩) 超まじめな話と笑い話が同じトーンで行われていて面白かったです (脇)…

Broadの齋藤諒さん再登場。真核生物ゲノムにコードされたFanzorがRNAで標的をプログラム可能なエンドヌクレアーゼであることを示した論文、競合、ジョブハント、来年１月から理研で主宰予定のラボ運営方針について伺いました (8/31収録) Show Notes ( 番組HP ): 齋藤さん過去回 1 2 齋藤ラボ理研ECLページでの紹介 齋藤ラボ公募ページ（研究員・特別研究員） 齋藤ラボ公募ページ（パートタイマー・アルバイト） 理研 和光キャンパス 開拓研究本部 トークしたイベント 濡木先生 西増先生 井上梓先生 古館昌平さんの回 1 2 論文パート Fanzor論文 最近のCell論文 Feng Zhangラボ Cas9ゲノム編集論文 Cas9ゲノム編集＠ヒト細胞 1 2 Cas12 Cas13 Cas9祖先トランスポゾン論文 Eugene Koonin OMEGA論文 CASTホーミングについての齋藤さん前報 平野清一さんのIsrB構造論文 ゲノム編集で病気も治るようになってきた トマトでGABAを増やす 魚で白身を増やす Jennifer Doudna達のFz論文 IS (Insertion Sequence)：転移に最低限必要な酵素のみを内部にコードするトランスポゾンの一種。それぞれ番号がついていて、転移機構も色々。 IS200/IS605 IS607 2013年のFanzor命名論文 AlphaFold Omar Abudayyeh（おまー） Jonathan Gootenberg（ぐーばー） 合同ラボ BioRxivのプレプリントHERMES Samuel Sternberg の HERMESイジり Science Advances論文 TnpBのペーパー Virginijus Siksnys Kavli賞 Soumya Han 毛みたいなほわっとしたカビ ATCC ツボカビ Spizellomyces punctatus 濡木先生とSiksnysのTnpBの構造論文 1 2 末端配列とガイドRNA(ωRNA)配列の関係： これ のc Spuのめっちゃ綺麗な末端配列： これ のa ツボカビにも一応エレクトロポレーションはある PAM(Protospacer Adjacent Motif)：CRISPR-Casシステムにおいて、Cas9などのエフェクターがDNA切断を行う際に、標的配列の隣に必要とするモチーフ。SpCas9では3’側にNGG。 TAM(Target-Adjacent Motif)：OMEGAシステムには“Protospacer”という概念が存在しないため、このように呼ぶ。 TAM、トランスポゾン、ガイドとなっている： これ のa Peel-and-paste： これ のb Sam SternbergのSelfish Spreadの論文 （機構はFig. 5g） 転写因子(TnpB様の転写抑制因子)の論文 OMEGAのペーパーが出た時のNews and Views Robert Desimone RSIの成果報告会で受賞したのが公表されたページ CSHLのCRISPR Meeting HanのTnpBのペーパー CRISPR nuclease-protease 加藤一希先生 Jonathan StreckerとEsraのCRISPR associated endopeptidase論文 StreckerのCAST論文 Peiyu Xu Guilhem Faure COVID-19で一緒に働いた Julia Joungの転写因子アトラス Max WilkinsonのR2論文 R2レトロトランスポゾンのレビュー R2を使った挿入ツール 1 2 David Liu David LiuのtwinPE Omar + Goober のPASTE PASTEを基盤技術にしたTome Bioscienceの最近の動向 Jonathan Weissman Cas活性のパラメータについての仕事の一例 登さん Deliveryの話、例えば コレ 昔のラボメンはK99取ってた マイキーのPEG10 ジョブハントパート 小関先生 医科研のUTOPIA 早稲田にいた時の自分の指導教官 UTOPIAについて一応調べた （100日でワクチン開発でした。。。 by齋藤） 東大の真下先生 Cas3の論文 五神真先生 大阪大学の蛋白質研究所 定量研と卓越研究員制度 今年は加藤セチプログラムのみ Max君は本当にすごい Rockefellerインタビュー 6人中2人 がうちのラボ Kalli Helen Hay Whitney Hanna Gray Aviv Regev Xiaowei Zhuang Adam Cohen マイキーのラボ Max Wilkinsonの出身ラボ Kalliの出身ラボ 独立後の計画 Joshua Weinstein DNA Microscopy Patrick Hsu Bridge RNA 宮脇さんが有識者の回 有識者会議 科研費倍増への運動 後藤由希子先生 Kendall スイスで会ったギタリストの友達 本田圭佑 HFSPミーティング 長田重一先生 アポトーシスの写真 二階堂先生 ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） 加藤英明先生 ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） 奥山先生 ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） Susan Gasser Patrick Matthias アセチル化やってた論文 吉田稔先生 古細菌テーマ＠HFSP 二段階になったHFSPフェローシップ申請 （このReview Procedureタブを参照。Letters of IntentとFull Proposals） Yi Zhang 小嶋さん 寺坂さん 松田真弥さん 松本さん 古館さんのNature論文 長井淳さん 飲みましょう！！！（by齋藤） 齋藤さんMITのアドレス Editorial Notes: 夢をみることができなければ、未来を変えることはできません。— 華麗なる一族（TBSテレビ, 原作・山崎豊子, 2007）（齋藤） 理研の現地インタビューも茶髪で乗り込んだのかどうか気になる (萩原) Shownotes大量に補足いただき大感謝です。今回もエナジェティックで非常に刺激を受けました、また是非！ (宮脇)…

神経科学会と関連ソーシャル振り返り、Paperpileの運用、Figを作るためのソフトウェアについて雑談。後半は、任意の抗原をトリガーとして働くGPCR、“Placebo”による鎮痛を担うかもしれない神経回路について (9/1収録) Show Notes ( 番組HP ): 日本神経科学会奨励賞 一個下の後輩、村上さん 元ボス（大木先生、が授賞式に来ていた） 元ボス（アンドレアス、が裏枠でトークしていた）のシンポジウム Neuroscience Researchに出した論文 長谷川さんの前例 Andrew Holmes 北沢さん との シンポジウム 北村さん 尾藤先生 Michael Greenberg の Brain Prize Lecture 後藤先生 五十嵐さんが言ってた回 今井さん が見つけてきた お店 長崎の平和会館 佐藤達雄さん Carandini 佐藤さん主催のサテライト企画 Greg Stuart 安田さん Letzkus et al. 2011 Kampa and Stuartの論文 田川さん 奥野さん 知覧特攻平和会館 虎に翼 NHKオンデマンドをAmazonプライム経由で観てます。(VPN必須) (萩) 日本初の女性裁判官、三淵嘉子さんについて 宮台真司先生 が悪いというわけではなく、ミサンドリー感情(+α)をフェミニズムと自称して活動する流れが問題なのであって、それを本来のフェミニズムと明確に区別して排除しよう、という意図での"クソフェミ"呼称であったという理解。 (萩) Jay Shendure NeuroTree George Churchのページ ボストンでもオーロラが見えた オーロラを観に この温泉 に行きたい (萩) Paperpile SigmaPlot 文献紹介パート： 文献１： Synthetic G protein-coupled receptors for programmable sensing and control of cell behavior Alice Ting Yulong Li KORD SPARK CAR-T SynNotch TRUPATHアッセイ TurboID 文献２： Neural circuit basis of placebo pain relief Grégory Scherrer 数年前のPainに関するミニスコープの仕事 Analgesia: 鎮痛 プラセボと治験についてのレビュー Fos TRAP 初代 二代目 von Frey試験含め疼痛評価法いろいろ (pdf) PnはCortexと小脳を繋ぐ重要な中継核 Stress Induced Analgesiaはオピオイドが関与 NPAS4 TRAPの論文 Spontaneous ActivityによるHebbian Plasticity EmillianiのScanlessでオプシン型GEVIでも2p イメージング Adam Cohenの方 MECのLeft-right-alternating theta sweeps LECのイベントストラクチャー表象 Editorial Notes: 朝ドラ、ちなみにリーガルハイの2期を観ていた人には要注意。岡田将生が近しい文脈で全く違うキャラで出現するので混乱します。(萩原) 掛け算ができない…小学生からやり直します。Pontine Nuclei, 麻酔賭けた時にこの領域が活動しているのかちょっと気になります (宮脇)…

定期ゲスト、デンマーク・オーフスの北沢太郎さん( @kitazawa_taro )。Neuro2024での記憶シンポジウムの宣伝、ラボ立ち上げから2年での進捗、初FENS参加など (7/11 収録) Show Notes: 北沢 さんラボ Neuro2024のシンポ (2S06a, 7/25 木曜日 16:00-18:00, 第6会場) Yingxhi Lin (“UTさうすうえすたん”ね。”てきさすさうすたん”てなんや...) 北村貴司さん 北西祐貴さん ( 後藤研メンバー ) Michael Greenberg御大 ERC さきがけ (PRESTO) Linの Biorxiv Lin の Npas4 Cell 2020 論文 Sheena Josselyn / Paul Frankland Sadegh Nabavi 伊藤夏穂さんのポスターは初日 (7 月24日午前 1P-179) DANDRITE Scientific Advisory Board (SAB) Meeting Greenbergの2014 (Malik et al.) Seattle Hub for Synthetic Biology Jay Shendureの論文(Choi et al., 2022) Jesse Gray この人もGreenberg系列。一瞬独立して KCl-IEG実験(Tyssowski2018) とかやってたが気づけばなぜかAllenにいる。 Chao Sun エリンシューマン Anna Klawonn 米原さん フィリッポ オーフス大学 BGI Greenberg Fos engram 論文 1 , 2 Fens Kavli Network of Excellence Ryohei Yasuda Peter Scheiffele Yang Dan Ole Kiehn FENS2024 ウィーン Alice Ting Brain Conference 古館さん いまスペインに旅行いくと水かけられる Barcelona anti-tourism protesters fire water pistols at visitors (CNN) FENS2026はMadridらしい 池の平ホテル Editorial Notes 「白樺リゾ～ト～池の平ホテル♪」のCMでおなじみの池の平ホテル、実家のわりと近くですが行くのは初めて。涼みながらデスクワーク出来そう (北沢) シンポジウム盛会を祈念しております！しかし2年でこんなに進んでるの流石すぎます(脇) 福岡でお会いしましょう。「NR聴いてます」ではなくて「論文読みました」(隠語)といって声かけてください(萩)…

UC Irvineの五十嵐啓さん( @kei_m_igarashi )再登場。転職活動振り返り、次に出る論文のSneak peek (詳細は Neuro2024のセッション にて)、R01グラント審査の実際＆それを踏まえた書き方戦略講座、若い人へのメッセージなど (7/6 収録) Show Notes ( 番組HP ): 五十嵐さんラボ 五十嵐さん回 1 2,3 4 Richard Tsien Paul Glimcher Neuroeconomicsの教科書に結構影響をうけたので残念...(萩) Nicolas Tritsch この前Nature出てた 坂野先生 2020 と 2021 に出た論文 尾藤先生＠Committee Chair Hannah Monyer 北村さん 最初の大学院生がPhDを取った Heechul Jun Jason Lee 横山先生(pdf) 山本先生 吉田豊さん 内田さん 加野真一さん 森下博文さん Attila Losonczy Hard money vs Soft money (pdf) ノルウェーのボス 学士院の賞 訴訟に関する記事 訂正：BrandeisではなくTufts 井上夫妻回 1 2 3 4 千歳さん回 五十嵐さんのジョブハントメモ Bonhoefferの論文 Earl Miller 五十嵐さん達のNeuro2024でのセッション Rbp4-creなどについてのGENSAT論文 MECからのPerforant PathをLesionするとCA1のPlace Cell場所受容野が曖昧になる ※ただしGrid Cell阻害実験の解釈は分かれている？：Leutgebのこの辺りの論文 1 2 海馬からの興奮性入力がGrid cellの発火パターン形成に必要 伊藤さん の Nucleus Reuniensの仕事 MECの恐怖記憶への関与を調べた北村さんの仕事 その続報 prefrontalの関与 Hongjun Song 藤澤さん Antonio Fernandez-Ruiz Noah Gray ASCONA meeting Robert Datta Shohei Furutachiさん回 1 2 Lake Conferences Gordon の Basal Ganglia 彦坂先生 金子先生 松田先生 のJN 柳下先生 北欧のドーパミン学会IBAGS Dayan Gordon の Frontal Cortex Bruce McNaughton 40 Hzの話 アナベル Li-Huei Tsai Buzsakiが出したああいう論文 Gordon のNeurobiology of Cognition Desimone 宮下先生 Brain Initiative 40 % カット NIA NIMH Early Stage Investigator (ESI) Policies LMDNのスタディセクション NIH RePORTER 小宮山先生 CDIN NSF Lake ConferenceのDisease focusedな回 Menno Witter Ted Jones 安田先生のブログポスト NIHのeRA commons 参考： R01で査読者から貰うサマリーステートメントの例 (某ラボの公開gdocs) 参考： R01アプリケーションのサンプル (pdf) PO: Program Officer U01 P Ivan Soltesz Gary Lynch 海軍のグラントOffice of Naval Research 神経科学の達人での講演 薬理行動薬理若手研究者の集いでの講演 本庶先生の私の履歴書 羊土社の留学対談その１ その２ 日本学生支援機構の海外留学支援制度 Editorial Notes: 前回話させてもらったのがついこの前のように感じるのですが、3年も経ったとは。月日が過ぎるのはあっという間ですね。宮脇さん萩原さん、NeuroRadio三年間お疲れさまでした。研究者というのは楽しくも、つらく苦しい人生だと思っていましたが、テニュアがもらえると心の安寧が得られ、見える景色がだいぶ変わってきます。でも、人生で一番ダイナミックだったのは大学院生・ポスドク時だったのも事実です。みなさん、今を頑張ってください！Carpe Diem!! (五十嵐) 非公開アフタートークも楽しかったです、五十嵐さんありがとうございました！(脇) カレルは「俺は人生で一度もテニュア持ったことないぞ」っていつも偉そうに言ってます(萩)…

Northwestern Universityで来年1月から独立する千歳雄大さん( @yutasenzai )さんがゲスト。BuzsakiラボでのPhD、Scanzianiラボでのポスドク、ジョブハントで苦労したこと、独立後の研究計画について伺いました (6/20 収録) Show Notes ( 完全版 )： 千歳さんラボHP Scanziani lab Buzsaki lab 千歳さんに部屋を貸してもらった回 河野憲二先生 小川正先生 成宮周先生 古屋敷智之先生 Michela Gallagher Denis Pare ユーリ: ブザキのこと 藤澤先生 水関先生 Eran Stark OLM cell specificなCreライン PhD時代の論文その１： Mossy Cellの論文 DRD2-creでMossyがラベルできる、の論文 POMC-creでGCラベル、の論文 NeuroNexusのBuzsaki シリーズを含むカタログ(pdf) 電気生理的な特徴でGranuleを分離する、の論文 ”To our knowledge there are no electrophysiological characteristics with conclusively identify a neuron as a granule cell. In conclusion, it will be necessary in future work to use mode refined neurophysiological criteria combined with anatomical marking techniques for classification of dentate units.” B2B2Bになった Losonczyの論文 と Knierimの論文 PhD時代の論文その２： V1で層の特徴量を見つけた論文 Antonio Fernandez-Ruiz Shawn Olsenの論文 ポスドクでの仕事 SC-postrhinalを調べた論文 Mu-ming PooとYang DanのActivity recall論文 Adrien Peyrache の、 REM睡眠中Head Directionシステム論文 Robert Wurtz による、 サッケードを生み出す回路のレビュー Roger Nicoll Pontine waveとREM Gilles Laurent Reptileにおけるmidbrainのinterhemispheric competitionへの関与 井上夫妻の Zoomミーティングに関するアドバイスの回 および ノート Feinberg School of Medicine 2pImagingは結構decodingできる (from 大木研) 西本さん 神谷さん 睡眠中のGrid cellとHDとのcoordination Editorial Notes: 今回はこのような機会を頂き大変ありがとうございます。僕自身、大変楽しませて頂きましたし、これまでのことやこれからのことを考え直すいい機会にもなりました。Northwestern大学で来年1月からLaunchする研究室では、一緒にサイエンスを楽しんでくださるポスドク、学生、ラボテクを絶賛募集中ですので、興味があればいつでもご連絡ください！（千歳） 日常会話で海馬の豆知識を出せるようになりたい (脇) なんでデニパレさんのとこには行かなかったのかをきくのを忘れました (萩原)…

TED風トーク、DIY引っ越し、ライティングとLLM、買って良かった某アイテムについて雑談。後半は初のおたより回 (4/18収録) Show Notes ( 番組HP ): 雑談パート Doudna TEDに出た 神経科学学会にDoudnaが来た U-Haul DeepL Write 2021のIntercalated cluster論文 ChatGPT Claude Nature系列がやってる校閲サービス Paperpile Tushy Totoの携帯用Washlet シュピューラー おたより紹介パート 押尾学 重要度と緊急度のマトリックス ビジネス書 論文は常に書いていくもの、の出典 を書いた George Whiteside 岡本太郎的な Trachtenberg ScanzianiがNeuronに出した Yang DanからNature Mriganka SurからNature 加藤さん回 の ChR構造論文 佐野さん回 あやかさん回 研エン 神谷先生 発火頻度のログノーマル分布 Alison Barthのやつ Toroidal回 GEVI回 Kilosort4論文 牧野さん回 サットン本 藤島さん回 麻しんワクチン接種について（Q７） ロジスティック曲線ではなくロジスティック写像 でした Editorial Notets: 優しいおたよりばかりでホッととしました (脇) 健康のために12月にあるハーフマラソンにエントリーしました。スキーシーズンinしたときには既にいいコンディションという利点も。というわけで有酸素もやります。(萩)…