‘Inkvisisjon’ kommer av latin, og betyr undersøkelse, leting etter svar. Nettopp det vil Johannes og Peder gjøre gjennom samtale med hverandre og diverse gjester, om alle temaer mellom himmel og jord. Ved hjelp av fornuftens og troens kombinerte lys forsøker de å oppnå stadig dypere forståelse av Gud, menneske, religion, filosofi, historie, samfunn og mye mer.